В соответствии с Административным регламентом территориальные органы исполняют государственную функцию в отношении межрегиональных, региональных и местных общественных объединений, региональных отделений и других структурных подразделений политических партий, местных религиозных организаций, централизованных религиозных организаций, имеющих местные религиозные организации на территории одного субъекта Российской Федерации, религиозных организаций, образованных указанными централизованными религиозными организациями, а также иных некоммерческих организаций (за исключением потребительских кооперативов, товариществ собственников жилья, садоводческих, огороднических и дачных некоммерческих объединений граждан, органов государственной власти, иных государственных органов, органов управления государственными внебюджетными фондами, органов местного самоуправления, а также автономных учреждений).
Предметом контроля за деятельностью некоммерческих организаций, филиалов и представительств международных организаций и иностранных некоммерческих неправительственных организаций, осуществляемого центральным аппаратом (территориальными органами), является:
- соответствие деятельности общественных объединений и их структурных подразделений, в том числе по расходованию денежных средств и использованию иного имущества, уставным целям;
- соблюдение политическими партиями, региональными отделениями и иными структурными подразделениями политических партий законодательства Российской Федерации и соответствие их деятельности положениям, целям и задачам, предусмотренным уставами политических партий;
- соответствие деятельности иных некоммерческих организаций, в том числе по расходованию денежных средств и использованию иного имущества, целям, предусмотренным их учредительными документами, и законодательству Российской Федерации;
- соблюдение религиозными организациями законодательства Российской Федерации о свободе совести, свободе вероисповедания и о религиозных объединениях, а также целей и порядка деятельности, предусмотренных их уставами, при осуществлении федерального государственного надзора за деятельностью религиозных организаций;
- соответствие деятельности филиалов и представительств международных организаций и иностранных некоммерческих неправительственных организаций заявленным целям и задачам.
Исполнение государственной функции включает в себя следующие административные процедуры:
- проведение проверок некоммерческих организаций по вопросам, отнесенным к компетенции Минюста России (территориальных органов);
- анализ отчетов некоммерческих организаций;
- участие в мероприятиях некоммерческих организаций.